Գրիգոր Մինասյանի առաջարկությամբ և վարչապետ Նիկոլ Փաշինյանի որոշմամբ՝ Արա Մկրտչյանը նշանակվել է Արդարադատության նախարարի տեղակալ:

2000թ.-ից Արա Մկրտչյանն աշխատել է որպես՝ օպերլիազոր, քննիչ, ՀՀ ՆԳՆ ՔԳՎ ՀԿԳ քննության վարչության Պաշտոնեական և տնտեսական գործունեության դեմ ուղղված հանցագործությունների քննության բաժնի պետի տեղակալ, ՀԿԳ ավագ քննիչ, ՀՀ քննչական կոմիտեի ՀԿԳ քննության գլխավոր վարչության մարդկանց թրաֆիքինգի և թմրամիջոցների ապօրինի շրջանառության հանցագործությունների քննության վարչության պետ, ՀՀ Ոստիկանության Ներքին անվտանգության վարչության պետ, ՀՀ Ոստիկանության Անձնագրային և Վիզաների վարչության պետ: