1988 թ. փետրվարի 20-ին ԼՂԻՄ ժողովրդական պատգամավորների XX գումարման խորհրդի արտահերթ նստաշրջանը որոշում ընդունեց դիմել Ադրբեջանական ԽՍՀ և Հայկական ԽՍՀ Գերագույն խորհուրդներին խնդրանքով՝ «խորապես ըմբռնել Լեռնային Ղարաբաղի հայ բնակչության ձգտումները և լուծել ԼՂԻՄ-ը Ադրբեջանական ԽՍՀ կազմից Հայկական ԽՍՀ կազմ տեղափոխելու հարցը, միաժամանակ միջնորդել ԽՍՀՄ Գերագույն խորհրդի առջև ԼՂԻՄ-ը Ադրբեջանական ԽՍՀ կազմից Հայկական ԽՍՀ կազմ տեղափոխելու հարցին դրական լուծում տալու համար»:

Փետրվարի 27-29 Ադրբեջանի Սումգայիթ քաղաքում կազմակերպվեց հայ բնակչության կոտորած, որն ուղեկցվում էր սպանություններով, բռնաբարություններով, ջարդերով, կողոպուտով: Այնուհետև հայկական ջարդերի ալիքը տարածվեց Ադրբեջանի ողջ տարածքով մեկ:

Երևանում մեկնարկեցին լայնամասշտաբ հանրահավաքներ՝ ի սատարումն ԼՂ-ի բնակչության արդար պահանջի։

1988 թ. մարտին Լեռնային Ղարաբաղում ստեղծվեց «Կռունկ» կազմակերպությունը, որը համակարգում էր Արցախի հայերի ազատագրական շարժումը։ 1988 թ. հունիսի 13-ին Ադրբեջանական ԽՍՀ Գերագույն խորհրդի նախագահությունը կտրականապես հրաժարվեց բավարարել Լեռնային Ղարաբաղի հայության պահանջը՝ մարզը Ադրբեջանական ԽՍՀ-ից Հայկական ԽՍՀ կազմ տեղափոխելու մասին։ Երկու օր անց Հայկական ԽՍՀ Գերագույն խորհուրդը համաձայնություն տվեց «Լեռնային Ղարաբաղի ինքնավար մարզը Հայկական ԽՍՀ կազմի մեջ ընդգրկելու կապակցությամբ»:

1988 թ. հուլիսի 12-ին ԼՂԻՄ Ժողովրդական պատգամավորների XX գումարման խորհրդի 8-րդ նստաշրջանը հայտարարեց «Ադրբեջանական ԽՍՀ կազմից Լեռնային Ղարաբաղի ինքնավար մարզի դուրս գալու» մասին:

Ստեղծված իրավիճակում ԽՍՀՄ Գերագույն խորհրդի նախագահությունը 1989 թ. հունվարի 12-ի հրամանագրով ԼՂԻՄ-ում ժամանակավորապես մտցրեց կառավարման հատուկ ձև: Ըստ հրամանագրի՝ ԼՂԻՄ Ժողովրդական պատգամավորների խորհրդի և նրա գործադիր կոմիտեի լիազորություններն այնուհետև դադարեցվում էին մինչև Խորհրդի նոր կազմի ընտրությունների անցկացումը: Նրա լիազորություններն ամբողջ ծավալով փոխանցվում էին նոր կազմավորված ԼՂԻՄ Հատուկ կառավարման կոմիտեին (ՀԿԿ), որն անմիջականորեն ենթարկվում էր ԽՍՀՄ պետական իշխանության և կառավարման բարձրագույն մարմիններին: ՀԿԿ-ի ղեկավարումը ստանձնած Արկադի Վոլսկին առաջարկում էր մեղմել լարվածությունը Ղարաբաղի տնտեսության զարգացման, ԼՂԻՄ-ի և Հայաստանի միջև տնտեսական ու մշակութային ամուր կապերի հաստատման և հայ բնակչության հանդեպ խտրականության կանխարգելման միջոցով:

ԼՂԻՄ-ում իշխանության օրինականորեն ընտրված մարմիններին փոխարինած և վարչական անսահմանափակ լիազորություններ ստացած ՀԿԿ-ն միևնույն ժամանակ զրկված էր մարզի տնտեսական կյանքը ղեկավարելու որրևիցե հնարավորությունից: Լեռնային Ղարաբաղին հատկացված միջոցները տնօրինվում էին ադրբեջանական ղեկավարության կողմից, որն էլ լայնամասշտաբ շինարարություն ծավալեց ադրբեջանական բնակավայրերում՝ բնակության ու աշխատանքի վայրեր ստեղծելով ադրբեջանցի վերաբնակիչների համար: Ապարդյուն էին նաև Հատուկ կառավարման կոմիտեի ջանքերը՝ վերացնելու կամ թեկուզ մեղմելու Լեռնային Ղարաբաղի շրջափակումն Ադրբեջանի կողմից:

Մարզային կառույցները ցրելու մասին որոշումը բացասաբար ընդունվեց ԼՂԻՄ-ում, քանի որ այդ քայլը խափանում էր լիիրավ երկխոսության հնարավորությունները: Որպես ելք ստեղծվեց Ազգային խորհուրդ՝ 1918-1920 թթ. Ղարաբաղում գոյություն ունեցած Ազգային խորհրդի օրինակով:

1989 թ. օգոստոսի 16-ին ժողովրդական ներկայացուցիչների համագումարը ձևավորեց Լեռնային Ղարաբաղի Ազգային խորհուրդը: Կուսակցական կոմիտեների բոլոր պլենումները և Պատգամավորների խորհուրդների նստաշրջանները որոշում ընդունեցին ճանաչել ԼՂԻՄ Ազգային խորհուրդը որպես Արցախի տարածքում իշխանության բարձրագույն մարմին և նրան պատվիրակել պաշտոնական կառույցների ղեկավարման իրավունքը:

Սակայն խորհրդային հանրապետությունների ինքնիշխանության ձեռքբերման գործընթացի մեկնարկից հետո ղարաբաղյան հարցին լուծում գտնելու ԽՍՀՄ կենտրոնական իշխանությունների համեստ փորձերը՝ ելնելով կողմերի շահերի հավասարակշռությունից, փոխարինվեցին Արցախի ժողովրդի կամարտահայտությունը ճնշելու միանշանակ դիրքորոշմամբ:

Նոյեմբերի 28-ին ԽՍՀՄ Գերագույն խորհրդի որոշմամբ ԼՂԻՄ Հատուկ կառավարման կոմիտեն լուծարվեց, և նրա փոխարեն ստեղծվեց հանրապետական կազմկոմիտե, որը ղեկավարում էր Ադրբեջանի Կոմկուսի ԿԿ 2-րդ քարտուղար Վիկտոր Պոլյանիչկոն։

ԽՍՀՄ Գերագույն խորհրդի այդ որոշումը ծայրաստիճան բացասական արձագանք գտավ ինչպես Ղարաբաղում, այնպես էլ Հայաստանում: Ի պատասխան՝ ԼՂԻՄ-ում անցան բազմահազարանոց ցույցեր, որոնց ընթացքում ընդունվում էին քաղաքացիական անհնազանդության, նշված որոշումը բոյկոտելու, միութենական իշխանությունների հետ համագործակցությունից հրաժարվելու կոչ անող բանաձևեր, Լեռնային Ղարաբաղի Ազգային խորհրդին ու Հայկական ԽՍՀ Գերագույն խորհրդին ուղղված դիմումներ՝ Հայաստանի ու ԼՂԻՄ-ի վերամիավորման պահանջով: Այս տրամադրություններն արտացոլվեցին 1989 թ. դեկտեմբերի 1-ին Երևանում Հայկական ԽՍՀ Գերագույն խորհրդի և Լեռնային Ղարաբաղի Ազգային խորհրդի համատեղ նիստին ընդունված «Հայկական ԽՍՀ-ի և Լեռնային Ղարաբաղի վերամիավորման մասին» որոշման մեջ: